eigensoft 7.2.1

1.vcf样例

##fileformat=VCFv4.2
#CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  YC1.YC_snp      YC2.YC_snp      YC3.YC_snp      YC4.YC_snp      YC5.YC_snp      ZC1.ZC_snp      ZC2.ZC_snp      ZC3.ZC_snp     ZC4.ZC_snp      ZC5.ZC_snp
1       51      1_51    T       C       51.46   .       AC=1;AF=0.100;AN=10;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.100;MQ=57.80;MQRankSum=0.00;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179;set=GY_snp       GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37    1/1:1,0:1:3:0,3,37       1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
1       65      1_65    T       C       51.46   .       AC=1;AF=0.100;AN=10;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=12;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.100;MQ=57.80;MQRankSum=0.00;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.00;SOR=1.179;set=GY_snp       GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37    1/1:1,0:1:3:0,3,37       1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
1       88      1_88    T       C       88.08   .       AC=3;AF=0.167;AN=18;ClippingRankSum=0.00;DP=25;FS=0.000;set=GY_snp-ZC_snp       GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37     0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
1       298     1_298   T       C       224.54  .       AC=9;AF=0.300;AN=30;ClippingRankSum=0.00;DP=75;ExcessHet=4.7712;MLEAC=3;MLEAF=0.300;set=Intersection    GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37     0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37     1/1:1,0:1:3:0,3,37
1       346     1_346   C       T       75.50   .       AC=1;AF=0.100;AN=10;BaseQRankSum=0.00;ClippingRankSum=0.00;DP=30;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.100;MQ=54.16;MQRankSum=-2.515e+00;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.431;SOR=1.911;set=YC_snp GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37    1/1:1,0:1:3:0,3,37       1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
1       367     1_367   G       A       75.35   .       AC=1;AF=0.100;AN=10;BaseQRankSum=0.431;ClippingRankSum=0.00;DP=28;ExcessHet=3.0103;FS=3.010;MLEAC=1;MLEAF=0.100;MQ=54.16;MQRankSum=-2.515e+00;QD=8.37;ReadPosRankSum=1.18;SOR=1.911;set=YC_snp GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37    1/1:1,0:1:3:0,3,37       1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
1       388     1_388   C       T       116.43  .       AC=7;AF=0.233;AN=30;ClippingRankSum=0.00;DP=107;set=Intersection        GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37    0/0:1,0:1:3:0,3,37       0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
1       399     1_399   G       C       74.43   .       AC=7;AF=0.233;AN=30;ClippingRankSum=0.00;DP=104;set=Intersection        GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37    0/0:1,0:1:3:0,3,37       0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
1       438     1_438   C       T       114.71  .       AC=1;AF=0.100;AN=10;BaseQRankSum=1.25;ClippingRankSum=0.00;DP=31;ExcessHet=3.0103;FS=3.090;MLEAC=1;MLEAF=0.100;MQ=53.60;MQRankSum=-2.965e+00;QD=10.43;ReadPosRankSum=-2.690e-01;SOR=1.981;set=YC_snp   GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37     1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
1       466     1_466   C       T       84.64   .       AC=4;AF=0.133;AN=30;ClippingRankSum=0.00;DP=119;set=Intersection        GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37    0/0:1,0:1:3:0,3,37       0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37

2.genotype

GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37     1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37     1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37     1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37     1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37     1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37     1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37     1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37     1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37     1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37
GT:AD:DP:GQ:PL  0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      0/0:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37     1/1:1,0:1:3:0,3,37      1/1:1,0:1:3:0,3,37

3.smartpca 结果

PC1 PC2
eigenvector1 eigenvector2
eigenvalue 9 0
YC1.YC_snp -0.3162 -0.3162
YC2.YC_snp -0.3162 -0.3162
YC3.YC_snp -0.3162 -0.3162
YC4.YC_snp -0.3162 -0.3162
YC5.YC_snp -0.3162 -0.3162
ZC1.ZC_snp 0.3162 0.3162
ZC2.ZC_snp 0.3162 0.3162
ZC3.ZC_snp 0.3162 0.3162
ZC4.ZC_snp 0.3162 0.3162
ZC5.ZC_snp 0.3162 0.3162

4.PCA图

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *