git usage

1. 提交

git add .

git commit -m “your comments about this submission”

git push origin master

2. 同时开发,解决冲突

背景:
实际工作中,一定会出现多个人共同开发一个软件,但是大家负责不同的功能。基于git,大家可以各自创建一个分支,完成自己的分支工作后,再merge回去。

问题:
如果同事A修改了某个文件F的格式,但是同事B依赖该文件原来的格式。A先提交成功了,B再提交,B就无法运行成功了,因为F的格式变了。任何一个人,merge之前应该先做测试,证明merge后能够正常运行,才能真正merge。又或者,大家应该有一个约定,有的文件是不能动的。

3. git clone

4. windows下git对路径名长度存在限制,即使win10系统本身解除了这个限制。
git config –global core.longpaths true
但是没用,仍然报错:fatal: ‘$GIT_DIR’ too big

5. foobar

plink

1. plink常用格式:
https://www.cog-genomics.org/plink/1.9/formats#ped
ped, map
bed, bim, fam

2. plink gwas

3. plink homepage:
1.07: http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/index.shtml
1.9 & 2.0: https://www.cog-genomics.org/plink/

#snp2bedbimfam
plink –23file JPT-NA19001.snp JPT ID002 –out JPT-NA19001

#去除有问题的snp
plink –bfile JPT-NA19001 –exclude merge.missnp –make-bed –out new

#merge单个文件
plink –bfile source1 –bmerge source2_trial –make-bed –out merged_trial

#merge多个文件
plink –merge-list merge_list –make-bed –out merge