编程哲理

1. 面向对象编程的奥义在于每种数据都自带其操作,这样使用者就不必了解如何操作复杂的数据结构了,而只需要学习这种数据的接口即可;

2.泛型编程使得编写的一种算法可以广泛用于各种类型的数据,这样就不必为每种类型的数据重新重载一次函数。

C++ 模板与泛型编程

“泛型编程旨在编写独立于数据类型的代码” 《c++ primer plus》(6th ed)

实现一种方法,可以用于各种类型的数据。

输出结果:

Annotation Coordinates

1-based

software: 1). samtools; 2). annovar; 3). stringtie (gtf file,gene_abundance file);

file format:
1). vcf:只有第二列为POS信息;
2). sam/bam:只有第四列为POS信息;
3). gff (闭区间):第四列和第五列给定开始和结束
1. gff格式还要注意其strand(正负链)和phase(要从该feature开头移走的碱基个数)
2. 这个维基百科网页(https://en.wikipedia.org/wiki/General_feature_format)在说和bed一样为half-open(半开),估计误导了一大片人。
4). the Description of Sequence Variants (nomenclature)
5). gencode: 第四列和第五列给定开始和结束
6). ANNOVAR input file

0-based

software:

file format:
1). bed(左闭右开):
1. 注意给strand
2. 第二列和第三列给定开始和结束 (比如3 5,包含的是第4个碱基到第5个碱基之间的序列[这里的第4和第5是在1-based的坐标语境中],一共2个碱基);

 

HOX gene

ref: 2013-the regulation of hox gene expression during animal development

 

homeosis the replacement of part of one segment of an insect or other segemented animal by a structure characteristic of a different segment, especially through mutation.
homeobox any of a class of closely similar sequences which occur in various genes and are involved in regulating embryonic development in a wide range of species

 

 

GATK caveat

1. 选择/过滤

VariantFiltration: Filter variant calls based on INFO and/or FORMAT annotations
output: A filtered VCF in which passing variants are annotated as PASS and failing variants are annotated with the name(s) of the filter(s) they failed.
SelectVariants:    Select a subset of variants from a VCF file.
output:
1.如果一个值缺失,VariantFiltration会认为这条值所在的记录通过检查,而SelectVariants认为这条记录不能通过检查。

2.foobar

 

notes of ANNOVAR

1. 坐标系: By default, 1-based coordinate system is used.

2. 核心程序: annotate_variation.pl

3. 注释类型: gene-based (-geneanno), region-based (-regionanno) and filter-based (-filter) annotations.

4. 输出结果:

a. The first file contains annotation for all variants, by adding two columns to the beginning of each input line.

b. The second output file contains the amino acid changes as a result of the exonic variant.

5. 重点定位:

What about GFF3 file for new species?(http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/gene/)

gff3ToGenePred                                                                               (http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/)

星露谷物语 玩法总结

首先,我们聊一聊,星露谷物语里面,一天可以怎么度过。

第一,你可以选择留在你的农场,你有很多事情可以做。去抚摸你的家畜、宠物;去搜集农产品;去整理生产设备;去清点物资;去布置房子;去对农作物进行再加工和生产,然后出售;去和你的妻子和孩子互动。

第二,你可以选择去和村民互动,拜访他们,给他们送礼;

第三,你可以选择去挖矿,砍树,搜集物资;

第四,你可以选择去钓鱼;在不同时间,不同的地点,可以钓上来不同的鱼。

第五,你可以选择去打怪。坐上潘姆开的车去沙漠,然后去沙漠山洞打怪,搜集物资。带上炸弹,才能够下的足够深。

Saccharomyces cerevisiae (yeast)

The budding yeast Saccharomyces cerevisiae is one of the major model organisms for understanding cellular and molecular processes in eukaryotes. This single-celled organism is also important in industry, where it is used to make bread, beer, wine, enzymes, and pharmaceuticals.The Saccharomyces cerevisiae genome is approximately 12 Mb, organized in 16 chromosomes.

新感悟-1胜3负

今天打了羽毛球以后非常开心,即使从体育馆出来就遇上了大雨,可是一点也没有影响我的心情。我感觉自己非常兴奋,非得找件事情释放自己的这些能量,于是,我就选择了下几盘围棋。虽然今天是1胜3负,但是还是很开心,收获很多,简单记录重点。

第一局获胜:对手开局两手三三,离题甚远;布局就开始围中腹;略有一些计算力,但是不如我;最后我攻破他的中腹以后,认输;

第二局失败:这一局的失败,是由于下到最后,一个地方,双方相互收气,我没想清楚怎么收气,并且是超时负;因为自己下棋太慢,需要思考的太多,导致时间不够。但是如果我不思考太多,也不会拥有这局获胜的可能;这局棋想要获胜有两种情况:1.自己注意到了此处还有死活问题,提前补一手;2.在开始对杀以后,迅速算清楚应该怎么下;不过这两点我都暂时做不到;

第三局失败,那是纯粹的,双方从布局开始就不在一个等级,对方的布局非常稳、防守非常稳;我不信,认输了以后再下了第四盘,我更加认真,也更保守,但是还是从布局开始就失利,对杀思考的深度也不够;第四局结束后,我还和对方对某一个战斗进行了讨论,对方思索和落子的速度,的确比我快很多,也的确比我更加周密。对手28岁,也是自己在慢慢看和学习。

最后,我决定,一定要开始好好学习布局,准备开始读棋书。

shell脚本路径问题

如何在shell的脚本内得知脚本所在的位置?有些命令当使用sh执行本脚本时可以成立,但是通过source执行本脚本的时候就不行了。下面详细论述各种情况。

1.参数传入

sh script.sh para1或者source script.sh para1

在脚本里面可以通过$1来获得para1

2.