daily R_LANG Commands

R is a free software environment for statistical computing and graphics. It compiles and runs on a wide variety of UNIX platforms, Windows and MacOS.

1. related to environment variables
Sys.getenv()
Sys.setenv(BINPREF = “”)

## try http:// if https:// URLs are not supported

2. Change directory: setwd(‘E:/’) or setwd(“E:/”)
caveat: use ‘/’ not ‘\’ in windows.
*: list items in the current directory: dir()

3. bioconductor:
options(BioC_mirror=”https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/”) #换成国内的源,用于加速
if (!requireNamespace(“BiocManager”, quietly = TRUE))
install.packages(“BiocManager”)
BiocManager::install(“ChIPseeker”)

4. update, remove packages
update.packages()
remove.packages()

5. upgrade R
library(installr)
updateR()

6. rstudio换源加速

7. BiocManager换源
源列表:https://www.bioconductor.org/about/mirrors/
options(BioC_mirror=”http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/”)

 

python 使用技巧

  1. 安装 pip:
    1. 下载:https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py
    2. 安装:python get-pip.py
  2. 在windows下使用pip:
    python -m pip
  3. error:Microsoft Visual C++ 9.0 required(Unable to find vcvarsall.bat).
    解决方法:下载 VCForPython27.msi 。
    地址: http://www.microsoft.com/en-us/download/confirmation.aspx?id=44266

LaTeX 随笔

  1. LaTeX在windows下认识的文件路径是“/”,而使用Perl的File::Spec包得到的路径使用的是“\”;
  2. 生成dvi: latex filename.tex;
  3. 生成pdf: dvipdfm filename.dvi;

Perl attention & technique

  1. 脚本位置信息

  2. perl -d: 打开调试功能
  3. windows下,html中指定路径:”file:\/\/\/path_to_the_file”;
  4. 对读入的数据进行split前,注意,要用chomp处理;
    因为,读入的数据的末尾的换行符会被分配到最后一串字符里。
    其实际影响案例有:1. 如果一个变量$var包含了换行符,我把这个变量放在system “gzip -d -c $var > filename”,这条命令$var后面的就无法生效,因为在$var已经敲了回车了。
  5. Installation:
  6. Your Perl is configured to link against libgdbm,but libgdbm.so was not found.:aptitude install libgdbm-dev
  7. Please tell me where I can find your apache src:
  8. Function Round: int($number+0.5)
  9. ‘Unquoted string “..” may clash with future reserved word
    I meet this warning because my filehandle is lowercase with the “warning” on. It’s better to use uppercase as developers wish.
  10. 重要的变量:
  11. 微型Perl: 修改文件内容

    -p:输出本行内容(-n: 不输出本行内容)
    -i:指定备份文件后缀名,如果给出-i选项并且没有指定后缀名,则覆盖原文件 (-i.bak)
    -e:需要运行的perl代码,分号分割,可写多条语句。计数变量可用。
    *.file: 需要修改的文件

  12. 已安装模块备份及重装
  13. 选择性正则匹配:/(.snp.gz|.snp.tar.gz|.snp)/,匹配上的模式保存在$1
  14. strict refs
  15. asdf